Năm 1965, Cha Tôma Vũ Đức Kiêm cùng một số giáo dân Phú Lâm và một số ở nơi khác về phường Tam Hòa, Biên Hòa ngày nay và lập nên giáo điểm Bùi Thượng. Cùng năm, cộng đoàn Bùi Thượng dựng ngôi nhà nguyện đầu tiên bằng gỗ, mái tôn, vách ván để làm nơi dâng lễ và cầu nguyện.
Hai năm sau, Giáo điểm Bùi Thượng chính thức được nâng lên thành Giáo xứ và Cha Tôma được bổ nhiệm làm Cha xứ tiên khởi. Qua các thời quý Cha quản xứ, cộng đoàn Giáo xứ Bùi Thượng dần lớn mạnh trong đức tin và tình mến.
Năm 1970, Cha Giuse Trần Hiệp Sỹ về phụ trách Giáo xứ. Vì nhu cầu mục vụ cho giáo dân ngày càng nhiều, Cha Giuse cùng cộng đoàn Bùi Thượng khởi công xây dựng và khánh thành nhà thờ mới (1971).
Bốn năm sau, Cha Giuse Nguyễn Kim Đoan kế nhiệm Cha Giuse Trần Hiệp Sỹ coi sóc Giáo xứ. Ngoài việc nâng đỡ đời sống đức tin cho cộng đoàn, Cha Giuse đã khởi công xây dựng và khánh thành tháp chuông (1983), trùng tu nhà thờ (1986), bê tông hóa đường kiệu (1989), hội trường và nhà xứ (1990). Năm 1991,
Cha Đaminh Bùi Phúc Dinh thay thế Cha Giuse phụ trách Giáo xứ. Cha Đaminh và cộng đoàn tiếp tục xây dựng các công trình: đài Đức Mẹ (1992), đài Thánh Giuse (1996), quy hoạch nghĩa trang và xây lễ đài (1997), hoàn chỉnh nhà thờ và khuôn viên (1999), nâng cấp các con đường trong Giáo xứ (2000).
Từ năm 2012 Cha Phaolô Lê Công Nguyên về nhận chức chánh xứ, các sinh hoạt mục vụ của Giáo xứ đã đi vào nề nếp và đời sống đức tin của giáo dân Bùi Thượng ngày càng thăng tiến.
Hiện tại, sau khi cha Phanxico Xavie Nguyễn Duy Hải nhậm chức chánh xứ. Đời sống đức tin của giáo xứ càng thăng tiến hơn. Các hoạt động của giáo xứ và các hội đoàn tiến triển hơn về măt thực tiễn. Thánh lễ và các sự kiện mục được thực hiện sốt sáng và chỉnh chu nhiều hơn.